有限公司整体变更时的所得税问题

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根据《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发〔2000〕118号）规定，“除另有规定者外，不论企业会计账务中对投资采取何种方法核算，被投资企业会计账务上实际做利润分配处理（包括以盈余公积和未分配利润转增资本）时，投资方企业应确认投资所得的实现”。因此，有限责任公司整体变更为股份有限公司视同于利润分配行为，按以下原则处理：
（1）盈余公积和未分配利润进行转增时视同利润分配行为。不同于个人股东，公司制企业进行分红时，法人股东是不需要缴纳所得税。但如果法人股东与公司所适用的所得税率不一致时，法人股东是需要补缴所得税差额部分。
（2）根据国税发[1997]198号文精神，对不属于股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金，将此转增股本由法人取得的数额，比照上款办理，即需要补缴所得税差额部分。

但新的企业所得税法规定，企业的下列收入为免税收入：

　　（一）国债利息收入；

　　（二）符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益；

　　（三）在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益；

　　（四）符合条件的非营利组织的收入。

那么，如果法人股东与公司所得税率不一致，整体变更时，未分配利润和盈余公积转增资本，到底需不需要补税？