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A公司自有的经营性资产，是否构成一项业务？
如果不构成，那么就是一般理解的实物增资，需要评估作价，可以认为是以公允价入账，税法也会要求增值部分纳税；
如果构成业务，那么虽也是实物增资，也需要评估，但会计上视同同一控制下的业务合并，适用企业合并准则，以账面价值入账，税务上则看是否适用财税59号文，否的话要按公允价调整纳税。

楼主所提及的3号文内容，是构成同一控制下企业合并，会计上当然只能以账面值为基础了。