Dapper425

当时把税收优惠差额计入国家扶持基金或企业发展基金可能是依据地方政府的有关文件。例如，北京市就曾有类似文件，
《北京市新技术产业开发试验区暂行条例》第八条 所有减免的税款，作为“国家扶植基金”由企业专项用于新技术开发和生产的发展，不得用于集体福利和职工分配。
《北京市新技术产业开发试验区暂行条例实施办法》
第十一条 新技术企业应设置“国家扶植基金”会计科目，对减免税款的提取、使用单独核算。财政、税务部门应对“国家扶植基金”的使用加强监督和管理。
第十二条 新技术企业未经批准擅自转业、歇业或不按规定使用“国家扶植基金基金”的，由海淀区税务局将“国家扶植基金”收回，按本办法第十三条规定办理。

我理解，地方政府类似规定的目的应是防止企业将减免的税收用于非研发的其他目的，并未规定该部分款项为国有资产。

对于楼主所描述的情况，我个人认为可能有两种解决途径：第一种，参考南方泵业的做法，去政府拿证明文件，证明国家扶持基金的形成过程、使用等合法，并确认归全体股东享有；如果无法取得上述证明或确认文件，可以可以考虑第二种，即如楼上shangxingnian所言，设法证明这种会计处理方式是错误的，然后调账。

如何证明，我还没有找到依据，望高人指点。