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上午晕头了。

想了一下，楼主有一个默认条件，即股份有限公司的账务应该这样处理，贷记股本和资本公积。对于合并方来说，同时在借方分录会有长期股权投资（或是借记固定资产、无形资产等），所以合并方事实上财产是增加了，即发行了100万股换来了一定量的资产，不存在出资不实的问题。只是目前因为会计处理与法规之间衔接的问题，可能产生了楼主理解的漏洞。