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对国税局39号公告，尚有以下问题值得关注、讨论：
1、公告中明确：企业是纳税义务人。但下文中又说是“依照本条规定完成纳税义务后的限售股转让收入余额转付给实际所有人时不再纳税”，其实，企业只是充当了代（扣）缴义务人，并不是真正的纳税义务人。
2、从39号公告看，是要按所在企业的税率征收企业所得税，但问题是：“企业转让代个人持有的限售股征税问题”明确的是“代个人持股的征税问题，从股权的性质讲，是个人股权，应征个人所得税，而不应是征企业所得税，企业应是代缴人；同时，如果缴企业所得税，如某企业享有高新技术企业等的税收优惠，势必造成同一性质的代持股份，因企业享有的税收优惠的不同，而承担的税负不同。
3、“依照本条规定完成纳税义务后的限售股转让收入余额转付给实际所有人时不再纳税。”以后个人转让时，是否还需要交个税？不明确；但从“企业持有的限售股在解禁前已签订协议转让给受让方，但未变更股权登记、仍由企业持有的，企业实际减持该限售股取得的收入，依照本条第一项规定纳税后，其余额转付给受让方的，受让方不再纳税。”中看，好象又明确了受让方（包括个人），以后转让时，不需要再缴个税。
4、“依法院判决、裁定等原因，通过证券登记结算公司，企业将其代持的个人限售股直接变更到实际所有人名下的，不视同转让限售股。”以后转让时，还是否需要再交纳个人所得税？
5、如果以后个人转让时，不再补交个人所得税，这个就有很大的税务筹划空间；如果要补交个税，已缴的企业所得税，是否构成个人持股成本扣除？
5、如果是企业就代持股份扣缴了企业所得税，个人实际缴了税，税务局如何开个人缴税证明？个人如何做完税申报？