badonkus

楼上各位均从财务角度考虑问题，个人从法律角度想法可能不同：
一、如果新进股东B公司受让A公司国有股权是依法定程序，履行了清产核资、审计评估、进场交易、公开竞争性转让等手续，B公司取得A公司股权就属合法有效，是否零对价承债式转让不是关键。换句话说，此类案件在司法实务中绝无可能因涉嫌国有资产流失而认定当初的国有产权转让合同无效。B公司的股权合法有效，不受追夺，无产权纠纷。
二、个人充分注意到楼主使用了03年末改制的提法。如果A公司原本就是符合公司法规定的股份公司或有限公司，就不存在改制一说。因此A公司原来必然是名为公司实非公司的全民所有制企业。在国企业改制实务中，虽然办理的是工商变更登记程序，那是为了使国企的资质、业绩、债权债务得以延续。实际上，改制过程通常是新进股东B受让原国有股东持有的A公司净资产(经过剥离的改制净资产，包括债权债务)，再以此净资产新设一家公司。此过程名为变更，实系新设。A公司名称可能只是增加了“有限”或“股份”字样，但完全是一家新的公司。
综上，个人意见，只要改制程序合法，B公司所持A公司股权无潜在纠纷；A公司的改制历史不会对其上市构成实质性障碍。