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对于确权问题，这样的历史遗留问题很难做到100%的，曾做过一国企，最后只做到劝劝97.6%，剩余的部分职能设立账户托管！并由大股东承诺负担这剩余部分股权所带来的法律责任。如果楼主所说的企业当初发行内部职工股没有省政府的批文，那就更难做了！如果当初发行内部职工股在当初的法律条件下是违法行为，而今这违法行为尚未纠正，那么发行人尚处于违法状态——对上市是致命的。
建议楼主的经办律师把职工股的形成过程先搞清楚，并写成尽职调查报告的正是文本形式，共券商、律师、发行人一起讨论，找出问题的关键所在。这样的问题最终是要省政府办公厅出文的。内部职工股问题太难搞了！
建议找有类似经验的保代来做，会事半功倍的！没经验的保代能把企业的方案作死的！