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个人转让股权所得税问题

目前碰到这个情况,07年A公司股东甲某将A公司80%的股权4000万元平价转让给B公司(A公司经审计的净资产是15000万),甲某也是B公司最大的股东,08年B公司又将持有的A公司的80%的股权以17000万全部转让给了C公司,C公司和A、B公司没有关联关系,目前转让手续已经全部完成,款也收到,甲某在转让是与B公司有个协议:B公司如果将股权再转让,应对甲某进行按1:2.5进行补偿,也就是补偿10000万元。
现在B公司准备上市,股权转让的税款也准备交,但是怎么交比较好,不会对将来的上市造成影响?
另,不考虑甲某与B公司的协议,该怎么操作?

您好!具体点是这样的,其实质就是甲某控制的B公司收购了同是甲某控制的A公司中甲某个人股权,然后再由B公司往外卖,通过一个协议使收到的钱再分给甲某。
现在后续完了,钱也收了,税还没交,考虑是:
(国税函[2009]285号)的规定:对申报的计税依据明显偏低(如平价和低价转让等)且无正当理由的,主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。
考虑补充协议的话,甲某实质收入是10000+4000=14000万,大于享有的净资产份额15000*80%=12000,甲应交个税的应纳税所得14000-4000=10000万
   同时B公司收购的成本实质是14000,则B公司应并入企业所得交企业所得税的股权转让收入是17000-14000=3000万。
   现在就怕这样处理会对将来的上市造成一些问题
  不考虑协议的话,就是全交企业所得税,

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1. 会给发审员留下公司治理不规范的印象。
2. 补偿比例确定的依据何在?很难解释的过去。最好放弃协议。
3. 股权转让税款怎么交对上市公司不会造成影响?没怎么明白,和税务局沟通,该怎么交就怎么交,该补缴的就补缴。

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