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如果只是把住所从A市迁入B市，只要办理变更住所的变更手续就行，不算法律层面上的新设。如果把设在A市的公司注销，在B市重新设立，肯定属于新设。
在A市注销程序肯定要履行相关的税务清缴手续，具体的程序，咨询当地的工商、税务部门，各地的情况会有差别。